Actualmente la empresa Tren Patagónico S.A. tiene 2 servicios de cargas, uno de ellos une a la localidad de
Aguada Cecilio con la ciudad de San Antonio Oeste, y el segundo de ellos conecta a San Antonio Oeste con la ciudad
de Bahía Blanca.

En la localidad de Aguada Cecilio se encuentra a pocos kilómetros una importante cantera de la cual se extrae piedra caliza, la cual es enviada por el tren de cargas hacia la ciudad de San Antonio Oeste donde se ubica la planta de Álcalis de la Patagonia SAIC (ALPLAT), la cual utiliza a la piedra caliza en su proceso productivo.

En el segundo servicio de carga del Tren Patagónico la empresa ALPLAT envía mediante dicho tren su producción de carbonato de sodio (ALPLAT es la única empresa productora de carbonato de sodio de Sudamérica) desde San Antonio Oeste hacia la ciudad de Bahía Blanca, donde luego esa carga es transportada mediante las empresas ferroviarias de carga Ferrosur Roca S.A. y Nuevo Central Argentino hacia la Provincia de Tucumán, ya que el carbonato de sodio es utilizado como insumo en el proceso productivo que realizan las empresas de extracción de litio en el norte del país.