En el año 2015 la concesión que manejaba la terminal de contenedores del Puerto de Santa Fe dejó de operar debido a la finalización del contrato vigente. Desde dicho año esta área del puerto estuvo unos 5 años sin actividad.

Luego de una serie de obras llevadas a cabo, la terminal de contenedores volvió a tener actividad. Primero se recuperó a finales de 2020 la actividad en la Terminal Agrograneles con embarques quincenales por más de 350.000 toneladas de granos hasta la fecha. Y desde fines de 2021 se reactivó también la Terminal de Contenedores y Cargas Generales (TCCG), desde donde ya hubo un movimiento total de más de 1500 contenedores.

En las obras llevadas a cabo se destaca la ampliación del actual muelle. Ademas se incorporó una nueva grúa especializada en el movimiento de contenedores y un nuevo autoelevador para distintas tareas dentro del puerto

En Junio 2023 se informó que la terminal multipropósito de Santa Fe viene trabajando con una barcaza porta contenedores en un circuito fluvial con el Puerto de La Plata (TecPla) cada 15 días, donde vienen las importaciones y salen las exportaciones de las empresas de la zona. Y en la terminal de granos, que también está reactivada, hoy por hoy los embarques de granos salen cada 10 ó 15 días con 7000 toneladas de maíz partido.